研究生教育是潍坊医学院最高层次的学历教育。1986年，学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，2000年被批准为同等学力人员申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位，2012年，“公共卫生危机管理人才培养项目”经国务院学位委员会批准为博士研究生培养项目，2013年开始招收博士学位研究生。2017年获批山东省博士学位授予立项建设单位， 2018年学校临床医学学科位列ESI全球前1%，公共卫生与预防医学学科为“山东省一流学科”培育建设学科。2019年“健康中国背景下重大健康风险预测与治理策略”研究项目获批招收博士后研究人员资格。

 学校现有服务国家特殊需求博士人才培养项目1个。设有基础医学、临床医学、口腔医学、护理学、生物学、药学、公共卫生与预防医学、中西医结合8个硕士学位授权一级学科，55个二级学科硕士点；有省级研究生联合培养基地14个，直属附属医院4所，非隶属附属医院24所。有国家临床重点专科6个，山东省院士工作站2个，山东省省级重点学科8个，省级重点实验室6个，省级协同创新中心4个，省高校、医药卫生（中医药）重点学科、重点实验室19个，省高校人文社会科学研究基地1个，省医药卫生（中医药）重点专科40个。“‘健康山东’重大社会风险预测与治理”“组织工程与修复重建”“靶向药物递送研究及产业化”协同创新中心为山东省高等学校协同创新中心，海洋康复药物与特种新材料工程实验室为山东省工程实验室，卫生发展研究中心为“十三五”山东省高等学校人文社会科学研究基地。先后获批卫生部脑卒中筛查与防治基地、卫生部辅助生殖技术培训基地、全国麻醉学基础理论培训基地、国家临床药物试验机构、国家级全科医生培养基地、国家住院医师规范化培训基地、国家医师资格考试实践技能考试考点。山东省基层卫生管理干部培训中心、山东省公共卫生预警与处置指导中心设在我校。具有较强优势的教学、科研和实践平台为研究生培养奠定了坚实基础。

 学校拥有一支高水平的研究生导师队伍。有国家级人才3人，“泰山学者”特聘专家8人、泰山产业领军人才4人，教育部新世纪优秀人才2人，省有突出贡献的中青年专家4人，享受国务院政府特殊津贴17人。全国模范、优秀教师8人，省级教学名师8人，省市级专业技术拔尖人才43人，博士研究生导师25人，硕士研究生导师935人。经过多年建设，导师队伍素质不断提高，结构进一步优化，为研究生培养提供了有力保障。

 学校研究生教育坚持“服务需求、提高质量”这条主线，主动作为，真抓实干，不断推进研究生培养模式改革，加强导师队伍建设，完善学位论文质量保障体系，强化学位点支撑条件建设，持续推进研究生教育管理的规范化、制度化、科学化，研究生教育的质量和水平不断提升。经过30多年的发展，为国家培养和输送了大批高层次优秀人才。广大毕业生在各自的工作岗位上，以“志存高远、勤奋好学、知行统一、勇于创新”的优良学风，赢得了社会的广泛赞誉。